servus Roman, willkommen hier im Blauen
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Dass die NÖ Schifffahrtsbehörde ein abgekartetes Spiel spielt, halte ich für ausgeschlossen. Eher schon, dass der Prüfer keine Ahnung hatte, woher das Wasser kommt und der Verkäufer ihm was von einem undichten Lenzstopfen erzählt hat, so wie Du ja auch zuerst vermutet hast. Ein bisserl Wasser im Boot bei einem Schlauchboot ist dem Prüfer wahrscheinlich egal.
Das ist nicht unbedingt Sicherheits-relevant, und nur darum gehts bei der Überprüfung zur Verlängerung der Zulassung.